Вищим керівним органом Фонду є Загальні Збори, які визначають перспективи розвитку та вирішують основні питання життєдіяльності Фонду. В період між Загальними Зборами керівництвом Фонду здійснюється Правлінням, яке є колегіальним органам, що обирається Загальними зборами. Голова Фонду призначається Загальними Зборами, який очолює Правління і Фонд та керує його поточною діяльністю.

На даний момент Головою Фонду є НАЗАРЕНКО Андрій Григорович.

З метою контролю за цільовим використанням коштів та фінансово-господарською діяльністю Фонду утворюється Наглядова Рада Фонду, яка обирається Загальними і Зборами строком на три роки. До складу Наглядової рада Фонду можуть входити представники органів виконавчої влади, державних органів, наукових установ і громадських організацій, які вирішують питання соціального захисту населення.